Ο αρχαιολογικός χώρος της Ελεύθερνας είναι ένας ευλογημένος τόπος στην καρδιά της Κρήτης. Στα ΝΔ της Ελεύθερνας και σε απόσταση λίγων χλμ. βρίσκεται η Μονή Αρκαδίου, ενώ περί τα
5 χλμ. ανατολικά υπάρχει ένας παραδοσιακός βενετσιάνικος οικισμός, οι Μαργαρίτες, με μεγάλη παράδοση στην αγγειοπλαστική και καταπληκτικά κατάλοιπα παλαιών εργαστηρίων κεραμικής.
Καθώς η Ελεύθερνα βρίσκεται σε σχεδόν ίση απόσταση από τις πρωτεύουσες πόλεις με αεροδρόμια και λιμάνια, δηλαδή τα Χανιά και το Ηράκλειο, ο ενδιαφερόμενος επισκέπτης έχει όλη την άνεση μιας κοντινής επίσκεψης μιας ημερήσιας ή ημι-ημερήσιας εκδρομής σε έναν χώρο φυσικού κάλλους και εξαιρετικού αρχαιολογικού ενδιαφέροντος, σε έναν τόπο μαγικό και αμόλυντο, μακριά από τον θόρυβο των πόλεων και του αναπτυγμένου βόρειου μετώπου της Κρήτης. Συνάμα, οι επισκέπτες που κατακλύζουν το Ρέθυμνο έως το Πάνορμο, μπορούν να απολαύσουν μια εξαιρετική εμπειρία, συνδέοντας την αρχαία Ελεύθερνα με το μοναδικό μοναστήρι της Ελευθερίας, το Αρκάδι και τον βενετσιάνικο κεραμότοπο των Μαργαριτών, είτε ένα πρωινό, είτε ένα απόγευμα, χωρίς να χάσουν το μπάνιο ή τη βραδυνή τους διασκέδαση, καθώς η Ελεύθερνα βρίσκεται σε απόσταση αναπνοής από τα μεγάλα ξενοδοχειακά συγκροτήματα (περί τα 10 χλμ.).
Ο καθηγητής Ν. Χρ. Σταμπολίδης θεωρεί πως το μουσείο, αν το χειριστούν σωστά η τοπική κοινωνία και οι φορείς, θα δώσει μεγάλη αναπτυξιακή ώθηση στο Ρέθυμνο και την Κρήτη συνολικά: “Όπως το Ηράκλειο, διαθέτει το μουσείο του και την Κνωσό, έτσι το Ρέθυμνο διαθέτει το μουσείο του και την Ελεύθερνα. Το μουσείο παρέχει παιδεία εις το εσαεί. Είναι για τα παιδιά και για τα εγγόνια μας, αλλά και για τους φιλοξενούμενους κάθε φορά επισκέπτες μας, μια αέναη πηγή μάθησης, ζωής και πολιτισμού.
Δεν σημαίνει βέβαια ότι επειδή δημιουργήθηκε το μουσείο θα σταματήσει η ανασκαφή, άλλωστε αυτή είναι το οξυγόνο για την αρχαιολογική έρευνα, την εκπαίδευση των φοιτητών, τόσο αυτών του Πανεπιστημίου Κρήτης όσο και των άλλων πανεπιστημίων της χώρας καθώς και του εξωτερικού. Εδώ θα λαμβάνουν χώρα Συνέδρια, θα υπάρχει ένα είδος συνεδριακού τουρισμού που, μαζί με το αναπτυξιακό κομμάτι του τουρισμού, αποτελεί ένα τεράστιο εργαλείο για όλη την Κρήτη. Αρκεί να μην γίνουν υπερβολές και λάθη και να κρατηθεί ο χώρος αλώβητος, καθαρός και με αίσθηση του μέτρου”.
