Το Μουσείο διαθέτει πλήρεις και σύγχρονους αποθηκευτικούς χώρους. Εργαστήρια με σύγχρονο και ειδικό εξοπλισμό για τη συντήρηση, σχεδίαση, φωτογράφιση, συμπλήρωση, ανασύνθεση, τεκμηρίωση και μελέτη του πολυποίκιλου υλικού από τις ανασκαφές που διενεργούνται σε διάφορες θέσεις του αρχαιολογικού χώρου της Ελεύθερνας.
