Οι κύριοι πυρήνες της αρχαίας πόλης βρίσκονται στους λόφους Πυργί και Νησί, που ανήκουν στους σημερινούς οικισμούς της Αρχαίας Ελεύθερνας και Ελεύθερνας αντιστοίχως. Στην ανατολική πλευρά του λόφου του Πρινέ (Αρχαίας Ελεύθερνας) σώζονται αναλημματικοί τοίχοι της ελληνιστικής περιόδου, ρωμαϊκά οικοδομήματα, παλαιοχριστιανική βασιλική και κτήρια.
Στις ανατολικές υπώρειες του ίδιου λόφου, στη θέση Κατσίβελος, έχει έρθει στο φως η βασιλική του Μιχαήλ Αρχαγγέλου που κτίστηκε στη θέση ενός παλαιότερου ελληνιστικού ιερού. Χρονολογείται, σύμφωνα με την ιδρυτική επιγραφή, στο 430-450 μ.Χ. (υπάρχουν και απόψεις για υστερότερη χρονολόγηση) και καταστράφηκε τον 7ο αι. μ.Χ.
Στον περιβάλλοντα χώρο έχουν ανασκαφτεί κεραμοσκεπείς και κιβωτιόσχημοι τάφοι του 6ου και 7ου αιώνα και τρεις ρωμαϊκές οικίες που καταστράφηκαν από τον ισχυρό σεισμό του 365 μ.Χ. Επίσης, έχουν αποκαλυφθεί ρωμαϊκό βαλανείο με δύο υπόκαυστα, λιθόστρωτος δρόμος καθώς και μεγάλων διαστάσεων δημόσιο οικοδόμημα, πιθανόν ελληνιστικών χρόνων (2ος – 1ος αι. π.Χ.), που χρησιμοποιήθηκε και κατά τη ρωμαϊκή περίοδο (1ος – 2ος αι. μ.Χ.).
Στο βόρειο τμήμα της ακρόπολης στην κορυφή του λόφου οικοδομικά λείψανα χρονολογούνται κυρίως στους ρωμαϊκούς και παλαιοχριστιανικούς χρόνους. Στη θέση αυτή τοποθετείται ο διαχρονικός πυρήνας της αρχαίας πόλης, όπως μαρτυρούν αρχιτεκτονικά λείψανα της Ύστερης Εποχής του Χαλκού, ένας κλίβανος γεωμετρικών χρόνων, ένα αρχαϊκό ιερό με πιθανότατα διαχρονική συνέχεια, καθώς και ρωμαϊκά και παλαιοχριστιανικά και βυζαντινά κτίσματα.
Στο δυτικό τμήμα του λόφου δεσπόζει η νεκρόπολη της Ορθής Πέτρας που με τα έως σήμερα ανασκαφικά δεδομένα ξεκινά από τα ύστερα πρωτογεωμετρικά (870/850 π.Χ.) και φθάνει έως τα αρχαϊκά χρόνια (600/550 π.Χ.).
Πάνω από τμήμα της περίφημης νεκρόπολης έχουν αποκαλυφθεί ελληνιστικές και ρωμαϊκές φάσεις της αρχαίας πόλης, κτήρια, πλακόστρωτοι δρόμοι κ.λπ.
Ολόκληρη συνοικία της ελληνιστικής περιόδου με κατοικίες αλλά και πεντάστυλο πρόπυλο δωρικού ρυθμού (400 π.Χ.) με τον περίβολο ιερού ανασκάφτηκαν στη θέση Νησί στον δυτικό λόφο της σημερινής Ελεύθερνας.
Μνημεία και υλικά κατάλοιπα βρίσκονται διάσπαρτα σε όλη την περιοχή, όπως τμήμα οχυρωματικού πύργου στην κορυφή του λόφου Πυργί, με χρήση από τους ελληνιστικούς έως και τους βυζαντινούς χρόνους, οι τεράστιες υδατοδεξαμενές κάτω και δυτικά από τον οχυρωματικό πύργο, ένα τεράστιο λατομείο ασβεστολιθικού πετρώματος στη θέση Περιστερέ, νεκροπόλεις των ρωμαϊκών κυρίως χρόνων κάτω από το λατομείο στα ΒΔ της πόλης στην περιοχή της Λαγκάς, καθώς και λίθινη γέφυρα ελληνιστικών χρόνων βόρεια του λόφου Πρινέ.
Οι ανασκαφές στην Αρχαία Ελεύθερνα έχουν φέρει στο φως εξαιρετικά ευρήματα διαφόρων χρονολογικών φάσεων, από τη υπονεολιθική περίοδο έως τα υστερορωμαϊκά και βυζαντινά χρόνια, δεκάδες επιγραφές, γλυπτά, αντικείμενα από πολύτιμα υλικά, νομίσματα, εξωτικά αντικείμενα από την Ανατολή, μεταλλικά αντικείμενα και σκεύη, γυάλινα αγγεία κ.ά.
Ανάδειξη Αρχαιολογικού Χώρου
Ο χώρος της Ελεύθερνας έχει κηρυχθεί προσφάτως αρχαιολογικός χώρος και έχουν ορισθεί ζώνες απολύτου προστασίας (Ζώνη Α) και ελεγχόμενη ζώνη (Ζώνη Β), έτσι ώστε ο κεντρικός πυρήνας του αρχαιολογικού χώρου αλλά και ο δακτύλιος γύρω του να προστατεύονται ουσιαστικά. Άλλωστε ήδη από τη δεκαετία του ’60 ο τόπος είχε κηρυχθεί ως ιστορικό τοπίο και τοπίο φυσικού κάλλους, γιατί δεν είναι μόνον οι αρχαιότητες και ιδιαίτερα αυτές που αποκαλύφθηκαν τα τελευταία τριάντα χρόνια από το Πανεπιστήμιο Κρήτης και οι οποίες προκάλεσαν το ενδιαφέρον της διεθνούς επιστημονικής κοινότητας, αλλά και το φυσικό περιβάλλον που συνυπάρχει με την πολιτιστική κληρονομιά και το οποίο, επίσης, χρήζει προστασίας.
Για αυτό μέσα στην πρώτη δεκαετία του 21ου αιώνα δημιουργήθηκε το Άλσος Ελευθερναίων, ένα αρχαιολογικό πάρκο με μονοπάτια, χωμάτινα και λιθόστρωτα, με ξυλόσκαλα και κουπαστές, με σταθμούς ανάπαυσης, καθιστικά και πινακίδες στην ελληνική και αγγλική γλώσσα, που συνδέουν τους ανεσκαμμένους χώρους, καθώς και τους χώρους ενδιαφέροντος μεταξύ τους για τους περιπατητές – επισκέπτες του αρχαιολογικού χώρου. Επίσης, έχει σχεδιαστεί ένας μοναδικός βοτανικός κήπος με τα φυτά της Κρήτης, όπου ο επισκέπτης θα μαθαίνει κάθε λεπτομέρεια για τις θεραπευτικές και αρωματικές τους ιδιότητες από την αρχαιότητα ως τις μέρες μας.
Ολόγυρα υπάρχουν ήδη αιωνόβιες ελιές, κυπαρίσσια, χαρουπιές, ροδιές, δρυς, πικροδάφνες κ.ά. Έγινε επίσης προσπάθεια φύτευσης εκατοντάδων ενδημικών δένδρων, κυρίως την τελευταία δεκαετία, έτσι ώστε ο επισκέπτης να γνωρίζει ότι για να φτάσει λ.χ. από τη νεκρόπολη στην ακρόπολη χρειάζεται να ακολουθήσει το μονοπάτι με τις αμυγδαλιές, η στροφή με τα τρία κυπαρίσσια οδηγεί στο μουσείο κ.λπ.
Ο αρχαιολογικός χώρος διαθέτει ήδη δύο σύγχρονα στέγαστρα που υλοποιήθηκαν με πόρους του Γ΄ ΚΠΣ, το καμπυλωτό από την πλευρά της νεκρόπολης και το βαθμιδωτό για τη βασιλική της ανατολικής πλευράς. Έχουν πραγματοποιηθεί εργασίες αναστηλώσεων τόσο στη νεκρόπολη όσο και στην αρχαία πόλη που έχουν ως αποτέλεσμα την ανάγνωση και αναγνώριση των μνημείων από το ευρύ κοινό χωρίς υπερβολές, διατηρώντας τον χαρακτήρα του ανασκαφικού χώρου.
Το όραμα του καθηγητή Ν. Χρ. Σταμπολίδη είναι “να παραδώσουμε στον κόσμο αυτό που είναι ο ελληνικός πολιτισμός. Πέρα από την Ιστορία και την αισθητική, το μέτρο του ανθρώπου και η σχέση του με τη φύση… Όσα εικονικά ταξίδια κι αν προσφέρει το Διαδίκτυο, δεν μπορούν να ανταποκριθούν στην αληθινή εικόνα του χώρου… Δεν θα έχουν ποτέ το φως του ήλιου, ούτε τις εκάστοτε εποχικές μυρωδιές”.
