Στις βορειοδυτικές υπώρειες της αετοκαθίστρας Ίδης, του Ψηλορείτη, που φιλοξένησε το λίκνο του ύψιστου θεού, του Κρηταγενούς Δία, ακόμη φυσά ο αρχαίος άνεμος ψιθυρίζοντας μυστικά την ίδρυση και την ακμή μιας μοναδικής στην αποκάλυψή της αρχαίας πόλης, της Ελεύθερνας.
Η θέση μοιάζει με ένα μεγάλο πέτρινο καράβι, που έστριψε την πλώρη του ΒΔ κι άραξε μέσα στο άφατο πράσινο από τις ελιές και τα αμπέλια, τους πρίνους, τις χαρουπιές και τα αστυράκια. Ο επιμήκης λόφος του Πρινέ (σημερινή Aρχαία Ελεύθερνα), από μαργαϊκό ασβεστολιθικό πέτρωμα, εντάσσεται στις χαμηλότερες έσχατες βορειοδυτικές υπώρειες του Ψηλορείτη, της άλλωτε δασωμένης Ίδης. Ορθώνεται σε ύψος περίπου 380 μ. πάνω από τη θάλασσα και περίπου 410 μ. στο σημερινό ριζίτικο ομώνυμο ομορφοχώρι. Η κορυφή του διαιρείται σε δύο σχεδόν επίπεδες, σχετικά ευρύχωρες λωρίδες γης, μια βαθμιδωτή πλατειά στα Β. (το Πυργί) και μια ευρύτερη και ψηλότερη στο μέσο, ενώ νοτιότερα σχηματίζει έναν αυχένα που διακόπτεται περίπου στο μέσο του μήκους του από τον βυζαντινό-μεσαιωνικό Πύργο. Στην ομοιότητα αυτού του φυσικού αναγλύφου με τις πραγματικές χερσονήσους που εισχωρούν στη θάλασσα, οφείλεται και η ονομασία της δυτικής έκτασης της αρχαίας πόλης στον λόφο της Ελεύθερνας που λέγεται σήμερα Νησί.
Η ύπαρξη πόσιμου νερού από φυσικές πηγές, χειμάρρους, πηγάδια κ.ά, η οπτική επαφή με τη θάλασσα της βόρειας ακτής της Κρήτης, η ύπαρξη καλλιεργητικών εκτάσεων, βοσκοτόπων για κτηνοτροφία και δασών για ξυλεία, τα αρωματικά και ιαματικά βότανα για να θυμιάσουν τους θεούς τους και για να γιατρέψουν τον ανθρώπινο πόνο, τα λατομεία ασβεστόλιθου, κυρίως στο λόφο Περιστερέ, και τα μεταλλεία (;) σιδήρου στο όρος Κουλούκωνα (Ταλλαία όρη στα ανατολικά της επικράτειάς της), καθώς και οι καλές κλιματολογικές συνθήκες είναι ορισμένοι από τους λόγους που έκαναν την περιοχή κατάλληλη για την ανάπτυξη μιας σπουδαίας αρχαίας πόλης.
Σύμφωνα με την παράδοση η πόλη έλαβε το όνομα της από τον Ελευθήρα, έναν από τους Κουρήτες που προστάτευαν το νήπιο Δία κρούοντας τις χάλκινες ασπίδες τους για να μην ακούσει το κλάμα του ο πατέρας Κρόνος και τον φάει.
Υπήρξε μια από τις σημαντικότερες αρχαίες πόλεις της Κρήτης – σύμφωνα με τα σημερινά ανασκαφικά δεδομένα – μια πόλη πρωτεύουσα των γεωμετρικών – αρχαϊκών χρόνων, δηλαδή της εποχής της διάδοσης και καταγραφής των ομηρικών επών. Κόβει νομίσματα τον 4ο αι. π.Χ. Τον 3ο αι. π.Χ. η Ελεύθερνα πολεμούσε εναντίον των Ροδίων και των συμμάχων τους Κνωσίων.
Όταν το 220 π.Χ. οι κρητικές πόλεις πολεμούσαν μεταξύ τους η Ελεύθερνα στάθηκε στο πλευρό της Κνωσού. Με πολιορκία όμως των αντιπάλων αναγκάστηκε να εγκαταλείψει αυτή τη συμμαχία. Το 68 π.Χ. όταν ο Ρωμαίος στρατηγός Μέτελλος επιτέθηκε στην Ελεύθερνα, η πόλη κατόρθωσε να αντισταθεί για αρκετόν καιρό στην πολιορκία των Ρωμαίων, λόγω του οχυρού της θέσης της, αλλά τελικά κυριεύτηκε μετά από προδοσία.
Από την πόλη Ελεύθερνα κατάγονταν ο ποιητής Λίνος, ο φιλόσοφος Διογένης, ο λυρικός ποιητής Αμήτωρ και ο γλύπτης Τιμοχάρης, πατέρας του Πυθόκριτου του Ρόδιου (καθ’ υιοθεσίαν) που κατασκεύασε την περίφημη Νίκη της Σαμοθράκης.
Ανασκαφική έρευνα διενεργήθηκε στον αρχαιολογικό χώρο το 1929 από την Βρετανική Αρχαιολογική Σχολή, υπό τη διεύθυνση του H. Payne για περίπου είκοσι ημέρες. Συστηματικές ανασκαφές, που πραγματοποιούνται από το 1985 κι εξής από το Πανεπιστήμιο Κρήτης, έφεραν στο φως σπουδαία αρχαιολογικά λείψανα, που δίνουν την εικόνα της αρχαίας πόλης, κυρίως από τους γεωμετρικούς έως και τους πρωτοβυζαντινούς χρόνους, χωρίς ωστόσο να λείπουν τα στοιχεία της αδιάκοπης χρήσης του χώρου από την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού (3η χιλιετία π.Χ.) έως και τα νεότερα χρόνια.
